Los primeros pobladores del terreno que hoy ocupa Villarta de San Juan aparecen en la Edad del Bronce, en sus etapas medias y final, como atestiguan los restos de motillas encontrados en sus alrededores. También se han encontrado vestigios ibéricos.
Los orígenes del pueblo podrían hallarse en la época romana, como muestra el “Puente Romano”, coincidiendo con la localidad de Murum a que se refiere el romano Antonio en su itinerario.
La época de dominación musulmana, así como la anterior visigoda, no aportan datos de ningún tipo sobre la villa.
Habrá que esperar hasta la creación de a Encomienda de Consuegra, por parte de la Orden de San Juan, para saber nuevamente de la existencia de Villarta, en donde parece que serían cobrados los derechos de portazgo de la citada encomienda a toda recua rebaño que pasase por estas cañadas. También se sabe de esta época la existencia de un castillo, El Muro, sobre el que posteriormente se alzaría la iglesia, y que bien pudo ser el núcleo a partir del cual se desarrolló el casco urbano.
La historia remueve poco más esta localidad hasta la llegada de los franceses a España. La Guerra de la Independencia supone casi la destrucción total de Villarta por parte de las tropas francesas en el año 1809.
Es en el siglo XX cuando tiene lugar el definitivo desarrollo de Villarta.
En la segunda mitad del siglo, el gran escritor Azorín, en su libro “La Ruta de Don Quijote”, dice: “... ya hemos atravesado rápidamente el pueblecito de Villarta. Es un pueblo blanco, de un blanco intenso, de un blanco mate, con las puertas azules”.
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Villarta de San Juan: