El rosario de lagunas que componen el conjunto se encuadra en un tramo angosto del Alto Valle del Guadiana y se forma a consecuencia de dos factores: la impermeabilidad de las arcillas que afloran en este punto del fondo del valle impidiendo la continuidad de la circulación subterránea, y la presencia de barreras naturales tobáceas o travertínicas, formadas por la precipitación de los carbonatos disueltos en las aguas del río y por elementos vegetales. Estas barreras surgen a modo de presas en aquellos lugares del lecho en donde existieron alteraciones causantes de turbulencias en el agua y, por tanto, de un incremento de los procesos de oxigenación y precipitación de los elementos disueltos. Las barreras tobáceas, que se componen de sales y capas de musgos petrificados, llegan a alcanzar espesores de más de 15 metros, formando viseras y cortinas. Estas barreras no son estáticas, sino que se forman y se destruyen armónicamente siempre que el proceso no sea interferido por la acción humana.
En cuanto a su morfología, estas lagunas nacen a 880 metros de altitud sobre el nivel del mar (Laguna Blanca) y terminan a 760 metros (La Cenagosa). Salvan, por tanto, un desnivel de 120 metros. De la más alta a la más baja, las lagunas se denominan: Blanca, Conceja, Tomilla, Tinaja, San Pedro, Redondilla, Lengua, Salvadora, Santos Morcillo, Batana, Colgada, del Rey, Cueva Morenilla, Coladilla y Cenagosa. Se extienden a lo largo de 25 kilómetros y generan una pendiente del 0,5%, muriendo sus aguas en el embalse de Peñarroya. Su diámetro oscila entre los 250 y los 2.500 metros. Con una profundidad media de unos 6 metros, algunas lagunas como la del Rey y La Colgada pueden llegar a los 20-30 metros.