Manzanares nace a mediados del siglo XIII, al igual que la mayoría de las poblaciones de su entorno, dentro del proceso repoblador de la Mancha, que siguió a la victoria de las Navas de Tolosa. En su término se pueden encontrar vestigios de anteriores poblamientos, prerromanos en el Pozo del Ciervo o la Mesnera, o medievales como el torreón de Moratalaz.
La población fue creciendo a la sombra del Castillo de Pilas Bonas, construido en 1239, en un claro intento de controlar los límites territoriales entre las Órdenes Militares de Santiago y Calatrava, perteneciendo Manzanares a ésta última.
Su buena situación geográfica enclavada en un importante cruce de caminos y zona de paso de las cañadas ganaderas, hizo que tuviese un rápido crecimiento, siendo necesario construir una cerca defensiva a mediados del siglo XIV, para proteger las doscientas casas que la formaban.
La feracidad de sus tierras y la bonanza económica vivida desde finales del siglo XV hasta comienzos del XVII, hizo aumentar su población pasando de 700 familias hasta 1.100, en las que había una importante diversidad cultural y religiosa, con una pequeña comunidad judía y otra más numerosa y activa de origen morisco. En esos años se construyó la nueva parroquia y las más importantes ermitas que todavía se conservan, convirtiéndose en una de las encomiendas calatravas más prósperas.
Durante la Guerra de la Independencia sufrió importantes destrucciones debido a las sucesivas ocupaciones francesas. Sin embargo, en la segunda mitad del siglo XIX y comienzos del XX, vivió un nuevo momento de esplendor como consecuencia de la expansión de sus viñedos, la llegada del ferrocarril y del desarrollo de sus industrias vinícola, alimenticia y alcoholera, lo que derivó en la concesión del título de ciudad en enero de 1881.
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