El clima de la zona donde se encuentra el ámbito territorial de Alto Guadiana Mancha es de tipo mediterráneo, con fuertes oscilaciones térmicas. El mes más cálido suele ser julio, mientras que el mes más frío suele ser enero.
El total de precipitaciones es modesto, rondando los 400 mm anuales. La variación interanual es muy notable, con amplios períodos de sequía. Las lluvias se concentran en primavera y en otoño, aunque su régimen es muy irregular.