Taray
 
Naturalmente, en las Tablas de Daimiel, la vegetación y flora más interesante y representativa es la acuática. La mayoría de las plantas que colonizan este espacio natural se encuentran adaptadas a las nuevas condiciones de inundación que se han producido en los últimos años. Es decir, son plantas que mueren en el momento que las Tablas se secan, pero son capaces de producir millones de semillas que se quedan en el sustrato para germinar y colonizar el terreno una vez que se vuelva a encharcar. Pero también existe otra vegetación que no soporta tan bien las sequías, por lo que se sitúan en las zonas más profundas y centrales de las tablas. Por lo tanto la vegetación se puede dividir entre las especies subacuáticas y aquellas que se encuentran en la superficie.
Las plantas subacuáticas más importantes que viven en las tablas de Daimiel son las ovas. Se tratan de distintas especies del género Chara que forman auténticas praderas subacuáticas en aquellos momentos en donde las inundaciones lo permiten. Además, se trata de una planta bioindicadora, ya que su presencia nos indica la limpieza del agua. Se trata de la fuente de alimento de diferente fauna como puede ser el pato colorado o las tortugas. 

Otra especie subacuática que se puede observar con facilidad en las Tablas es el babazón. Se tratan de aquellas formaciones de algas que flotan en la superficie del agua durante los meses de primavera y verano. Estas masas de algas, que se vuelven de un color rojizo cuando entra en contacto con el aire, nos indican que las aguas contienen gran cantidad de nutrientes por lo que se volverá turbia. Cuando el babazón se encuentra en la superficie provoca la desaparición de las praderas de ovas, ya que no permite que traspasen los rayos de sol.
Carrizo

Pero, sin embargo, la vegetación más importante es la emergente de las aguas, y a su vez la más representativa. La masiega es el emblema de las Tablas de Daimiel. Cubre una gran zona del Parque, aunque en el pasado (antes de las sequías que ha sufrido en los últimos años) su extensión era aun mayor. Su formación, llamada masegar, es la más grande de la Península y llego a ser la más grande de Europa antes de las citadas sequias.

El carrizo se ha convertido en el gran competidor de la masiega, y en los últimos años le ha reducido su extensión notablemente por la gran capacidad invasora del carrizo, ya que es capaz de colonizar las tablas en muy poco tiempo. Por este motivo, es importante su control, para que en las áreas de aguas libres, desaparezcan los masegares por el poder del carrizo.
 
La enea es la otra especie importante en las Tablas de Daimiel. Se trata de una vegetación muy reconocible por sus hojas en forma de cintas y las flores en forma de puro que maduran a final del verano. La podemos encontrar en las zonas de restauración, pero también están colonizando las partes centrales de las tablas por lo que suponen un problema semejante al carrizo.
 
Por último, se debe señalar la única especie arbórea que nos encontramos en las Tablas de Daimiel son la tarayes. Se trata de una especie que soporta bien los suelos salinos y húmedos, e incluso inundados durante algún tiempo. Se sitúan en el borde de los cauces de los ríos o bordeando las tablas. Su coloración en los meses de otoño es rojiza y sus troncos tienen unas formas muy singulares. El tarayal más grande de las Tablas, está localizada en las Isla del Pan donde existen algunos ejemplares con un buen porte.